生物菌在土壤中繁殖條件，生物菌肥應避免日光直射，故不宜直接撒于地表，應與有機肥混合深施效果較好。復合微生物菌劑可用于有機肥堆制和發酵，自制成生物有機肥。微生物菌肥可以和營養土混合用于蔬菜育苗，也可在蔬菜定植時穴施或溝施。應特別強調的是，微生物菌肥不能與殺菌劑混用或同期使用，否則會殺死菌肥中的微生物，失去生物效應。
要改善土壤條件，提高菌肥效力。微生物菌肥中的活菌多屬于好氣類菌，只有在適宜的水分、溫度、氧氣、pH值等土壤理化條件下它們才會旺盛活動、作用明顯。為此，微生物菌肥施入后一定要保持土壤耕層疏松、濕潤，為菌體活動創造適宜的條件。因為活菌在土壤中有一個增殖過程，所以它用做基肥效果較好；如作為追肥施用，需適當提早施入；寒冷季節溫度較低，不宜在露地使用。
微生物菌肥施入土壤后要經過大量繁殖形成一定的群體后，才能發揮作用。它與有機肥配合，可為微生物繁殖提供必須的碳源和養料，有利于擴大菌群。因為生物菌劑本身不含養分，生物有機肥也只有部分養分，所以要根據菌種組成、土壤營養及作物需肥特點配合適量化肥，使它發揮更好的效果。
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