1、口罩出廠時是否經過滅菌的處理的不同：滅菌口罩是經過滅菌，在包裝內有效期內就是無菌的；沒有滅菌，意味著醫用口罩生產出來只是的普通的，上面可能還有別的細菌，可能不致病。
非滅菌口罩(部分企業標識“非無菌”)，口罩的制作標準符合微生物控制標準，即允許有一定量細菌，但是在一定的可控范圍內。相對的，無菌口罩，經過殺菌后，不允許有細菌存在。
2、使用場景方面不同，非滅菌口罩適用于一般的霧霾天，防塵防風；滅菌口罩適用于要求無菌條件的環境。
非滅菌口罩適用范圍/預期用途 ，供臨床各類人員在非有創操作過程中佩戴，覆蓋住使用者的口、鼻及下頜，為防止病原體微生物、顆粒物等的直接透過提供一定的物理屏障。
無菌口罩使用在例如ICU、手術室等需嚴格控制微生物環境的醫療場所，因為這些場所需要進入的東西都是無菌的，而不至于引發病患的其它細菌型感染。
3、包裝不同，滅菌醫用口罩一般為保證無菌狀態，都是獨立包裝。非滅菌口罩不需要單獨包裝。
因為滅菌口罩為了保證口罩無菌的有效性，需要將每個口罩進行獨立包裝，而非滅菌口罩就不需要獨立包裝，無論是非滅菌醫用口罩還是滅菌醫用口罩均有防護功能，可阻隔飛沫，防止交叉感染。
